Durch Rafting entsteht generell eine höhere Umweltbelastung, dabei kann man zwischen Auswirkungen beim Ein- und Aussetzen sowie während des Raftings unterscheiden.
Beim Ein- und Aussetzen können in empfindlichen Biotopen Schäden am Uferbewuchs entstehen, was in der Folge auch zu Uferabbrüchen, Artenverschiebung und Vegetationsverlust führen kann. Tiere, die empfindlich für Störungen sind, können beunruhigt oder vertrieben werden. Besonders in der Brutzeit birgt dies Gefahren, denn die Brut- und Nahrungsaufnahme kann unterbrochen werden. Zusätzlich können Röhricht und Unterwasserpflanzen beschädigt werden, Rückzugsräume für viele wildlebende Tiere. Wird nur ein Halm eines der Gewächse beschädigt, kommt Wasser in das Wurzelgeflecht und d
ie ganze Pflanze stirbt.
Während des Raftings kann schon die bloße Anwesenheit der Rafter eine Stressreaktionen bei vielen Tierarten auslösen. Wenn über einen längeren Zeitraum viele Boote auf einem Gewässer fahren, kann der Einfluss auf die Tiere sehr stark sein, bis zu dem Punkt, an dem sie aus ihrem natürlichen Habitat vertrieben werden. Bei Vögeln ist ein gleichmäßiges und ruhiges Vorbeifahren kaum ein Problem, jedoch kann ein lautes Auftreten zu längeren Unterbrechungen der Füttterung der Jungen führen. Außerdem können getarnte Eier oder geschlüpfte Jungen zerstört werden. Das gleiche gilt für Fischlaichplätze und Röhricht.
Um die Zerstörung zu minimieren, dürfen kommerzielle Anbieter nur an vorgeschriebenen Plätzen anlanden und müssen auch andere Maßnahmen umsetzen, so beispielsweise Zeiteinschränkungen.